A IBPAZ Cuiabá foi fundada por um grupo de 29 pessoas, sob a liderança pastoral de Isaías Pereira da Silva, que veio de Campo Grande, Mato Grosso do Sul. O pastor, natural de Barra Bonita, interior de São Paulo, trabalhava à época na Igreja Assembléia de Deus de Betesda.
Em 12 de junho de 1999, a IBPaz começou a funcionar em um salão alugado, na Av. Rubens de Mendonça. O primeiro culto contou com a presença de 30 pessoas. No local, alugado pelo período de dois anos, não foi possível permanecer por mais de seis meses, porque a capacidade para 100 pessoas tornou-se insuficiente.
No início do ano 2000, a IBPaz mudou-se para o bairro Goiabeiras, em um salão com capacidade para 300 pessoas. De novo, o crescimento da igreja superou as expectativas e no início de 2002, uma nova mudança, para a sede própria no bairro Verdão, próximo do estádio de futebol cuiabano, que leva o mesmo nome.
Atualmente, a Igreja possui cerca de mil membros em sua sede, com uma participação nos cultos que supera 1.200 pessoas, além de suas congregações e grupos de comunhão.
